Apabila mengendalikan peralatan denitrifikasi SCR, langkah-langkah berikut harus dipatuhi:
1) Sebelum memulakan, pastikan semua komponen sistem berfungsi dengan baik, terutamanya sistem suntikan ammonia dan mangkin;
2) Laraskan kadar suntikan ammonia mengikut kadar aliran gas serombong dan kepekatan NOx, mengawal gelinciran ammonia di bawah 3 ppm;
3) Sentiasa memantau aktiviti pemangkin. Apabila kecekapan denitrifikasi menurun di bawah 85%, pertimbangkan untuk menggantikan atau menjana semula pemangkin;
4) Apabila menutup, hentikan suntikan ammonia dahulu, kemudian matikan sistem. Perhatian khusus harus diberikan kepada risiko kebocoran ammonia semasa operasi; sistem penggera dan tindak balas kecemasan yang lengkap mesti ada.
